W przypadku wniosku o nadpłatę złożonego przed upływem terminu przedawnienia, należy orzec również po jego upływie, gdyż postępowanie w takim przypadku nie staje się bezprzedmiotowe w rozumieniu art. 208 § 1 Ordynacji podatkowej.

Przepisy, takie jak art. 111 ust. 1 i 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług, nie są "specjalnymi środkami stanowiącymi odstępstwo", mającymi na celu zapobieganie przypadkom oszustw podatkowych lub unikania opodatkowania, w rozumieniu art. 27 ust. 1 szóstej dyrektywy 77/388, w brzmieniu zmienionym dyrektywą 2004/7.