W sytuacji, gdy uprzednie przepłacenie VAT, skutkujące jego nadpłatą w potocznym rozumieniu tego słowa, jest równoznaczne z popadnięciem przez podatnika w zaległości podatkowe w dalszym okresie rozliczeniowym, to należy dokonać wykładni przepisów z uwzględnieniem zasady proporcjonalności.

W okresie od 1 września 2005 r. do 31 grudnia 2008 r. (data uchylenia art. 73 § 1 pkt 6 Ordynacji podatkowej), stosowanie art. 53 § 1 i § 4 O.p. w kontekście brzmienia art. 73 § 1 pkt 6 tej ustawy wymaga, aby podatnik, który uiścił podatek od towarów i usług za dany okres rozliczeniowy w wysokości wyższej od należnej, a ze względu na formalny moment powstania nadpłaty związany z czynnością złożenia

Rozstrzygnięcie skargi na decyzję kasatoryjną może stanowić "zagadnienie wstępne" [art. 201 O.p. § 1 pkt 2], ale przesłanki zawieszenia postępowania winny być oceniane indywidualnie - w zależności od okoliczności konkretnej sprawy. Związek rozstrzygnięcia sprawy zainicjowanej skargą na decyzję kasatoryjną z rozstrzygnięciem sprawy podatkowej może być bowiem jedynie formalny.