Postępowanie uruchamiane na skutek wznowienia postępowania nie jest kontynuacją postępowania instancyjnego, a wobec tego brak jest w nim podstaw do pełnej merytorycznej kontroli decyzji, którą zakończono sprawę w postępowaniu zwykłym. Instytucja wznowienia postępowania nie jest środkiem, za pomocą którego można wzruszać każdą wadliwą decyzję ostateczną niezależnie od stopnia tej wadliwości.

W przypadku gdy podatek wynika jedynie z faktury, która nie dokumentuje faktycznego zdarzenia rodzącego obowiązek podatkowy u jej wystawcy - faktura taka nie daje uprawnienia do odliczenia wykazanego w niej podatku. Dysponowanie w tym przypadku przez nabywcę fakturą wystawioną przez zbywcę stanowi jedynie formalny warunek skorzystania z tego uprawnienia, który nie stanowi uprawnienia do odliczenia

Upatrywanie zaś w treści art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) p.p.s.a. uniwersalnej podstawy kasacyjnej dla wszelkich zarzutów łączących się z uchybieniami natury procesowej razi swą ogólnikowością i nie daje, przy braku powołania innych uregulowań tej ustawy lub (w związku z unormowaniami p.p.s.a.) odpowiednich przepisów Ordynacji podatkowej, możliwości skategoryzowania domniemanych błędów natury procesowej