Badanie ważności umów cywilnoprawnych podobnie jak przestrzeganie norm prawa handlowego nie jest objęte kognicją sądów administracyjnych. Domaganie się w skardze kasacyjnej przeprowadzenia przez sąd administracyjny dowodów na te okoliczności nie znajduje podstaw prawnych. Dopuszczenie dowodu z dokumentów może mieć miejsce w sytuacji, gdy ich brak uniemożliwia w pełni skontrolowanie zgodności z prawem

W przypadku wystąpienia kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny miesiąc nigdy nie dojdzie do przerwania biegu terminu przedawnienia, o którym mowa w art. 70 § 4 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2005 r., Nr 8, poz. 60 ze zm.), ponieważ w takiej sytuacji nie mogą być zastosowane środki egzekucyjne.