Pominięcie przez Sąd administracyjny pierwszej instancji regulacji szczególnej określonej w art. 97 ust. 5 u.p.t.u. określającej wydłużony termin zwrotu podatku dla podatników określonych w tym przepisie narusza art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) p.p.s.a w związku z art. 122 i 187 § 1 ustawy Ordynacja podatkowa oraz art. 133 § 1 p.p.s.a.

Z dniem 1 stycznia 2000 r. (na mocy art. 2 pkt 2 w zw. z art. 4 noweli z dnia 20 listopada 1999 r.) przedsiębiorcy mający status zpchr na czas nieokreślony zostali pozbawieni uprawnień wynikających z art. 31 ust. 1 (pkt 1) ustawy o rehabilitacji w związku z art. 21 ust. 1 pkt 35 u.p.d.o.f. Wyrok TK (sygn. K 45/01) tej grupy podmiotów nie dotyczy.