Wszczęcie postępowania karnego skarbowego, które na podstawie art. 70 § 6 pkt 1 oraz art. 70c Ordynacji podatkowej wywołuje skutek w postaci zawieszenia biegu terminów przedawnienia zobowiązań podatkowych, nie może być uznane za działanie instrumentalne wyłącznie na podstawie krótkiego okresu czasu pomiędzy jego wszczęciem a upływem terminu przedawnienia, jeśli materiał dowodowy zgromadzony w aktach

W sytuacji, gdy transakcje dokumentowane fakturami VAT nie mają odzwierciedlenia w rzeczywistej działalności gospodarczej podatnika, a wszelkie okoliczności faktyczne wskazują na ich fikcyjny charakter, podatnik nie nabywa prawa do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z tych faktur, zgodnie z art. 86 ust. 1 i art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a) ustawy o podatku od towarów i usług.

Organ podatkowy, przez swoje działanie lub zaniechanie, może przyczynić się do powstania przesłanki zmiany lub uchylenia decyzji dotyczącej zobowiązania podatkowego, nawet jeśli jest to przedawnienie. W takich przypadkach skarżącemu przysługuje oprocentowanie nadpłaty podatku od dnia dokonania wpłaty do dnia jej zwrotu, niezależnie od obiektywnego charakteru przesłanki przedawnienia.