Przedsiębiorstwo wodociągowe, prowadząc działalność w zakresie zbiorowego zaopatrzenia w wodę, dokonuje ujmowania, uzdatniania i dostarczania wody, jednak tylko część tej działalności mieści się w pojęciu zbiorowego zaopatrzenia w wodę przeznaczoną do spożycia przez ludzi. W tej sytuacji spójne z normami ustawy o zbiorowym zaopatrzeniu w wodę są normy art. 272 ust. 2 i art. 274 pkt 4 p.w. i rozporządzenia

Użyty w art. 272 ust. 5 Prawa wodnego zwrot "ilości odprowadzanych wód" pozwala przyjąć, że na wysokość opłaty zmiennej ma wpływ rzeczywista, faktyczna ilość odprowadzonych wód opadowych i roztopowych w danym okresie rozliczeniowym.

Skoro agencja realizuje projekty unijne i dostaje w związku z tym dotacje stanowiące jedynie zwrot kosztów, to nie realizuje w tym zakresie odpłatnej działalności gospodarczej. W konsekwencji może odliczać tylko część VAT od zakupów.