Odszkodowanie za wywłaszczenie nieruchomości, o którym mowa w art. 9y ust. 1 u.t.k., należy się wyłącznie tym osobom, którym przysługiwało do niej prawo rzeczowe w dniu, kiedy decyzja o ustaleniu lokalizacji linii kolejowej stała się ostateczna.

W przypadku długotrwałego postępowania administracyjnego dotyczącego wielu drzew, konieczne jest zastosowanie korzystniejszych przepisów prawnych do poszczególnych przypadków, zgodnie z zasadą lex mitior. Odpowiedzialność za wycięcie drzew bez zezwolenia ponosi właściciel urządzeń, nawet jeśli fizycznego usunięcia dokonał podwykonawca.