Zgodnie z art. 197 § 1 o.p. dowód z opinii biegłego winien być przeprowadzony, gdy rozstrzygnięcie sprawy wymaga wiadomości specjalistycznych. Jednak kwestia dopuszczenia dowodu z opinii biegłego została pozostawiona uznaniu organu podatkowego, na co wskazuje użyte w tym przepisie słowo "może". Biegły przeprowadzając dowód w danej sprawie opiera się na tym samym materiale dowodowym, co ograny podatkowe

Zastosowanie art. 87 ust. 2 ustawy o VAT i przedłużenie terminu zwrotu różnicy podatku nie wymaga wskazania bezpośrednich dowodów świadczących o niezasadności zwrotu. Wystarczające jest istnienie uzasadnionego podejrzenia, czy też wątpliwości, co do rozliczeń podatnika, które wymagają dalszego sprawdzenia. Samo bowiem istnienie potrzeby dodatkowego badania i weryfikowania zasadności zwrotu podatku