Złożenie przez podatnika wniosku o stwierdzenie nadpłaty powoduje wszczęcie postępowania podatkowego, którego ramy zakreśla żądanie wniosku. Organ podatkowy w postępowaniu toczącym się na wniosek nie tylko nie ma obowiązku, ale też i prawa do określenia zobowiązania podatkowego na podstawie art. 21 § 3 O.p.

Ustawodawca polski zdecydował się transponować do prawa polskiego warunek przewidziany w treści art. 133 lit. c dyrektywy 112 (tj. ceny niższe niż pobierane za podobne usługi przez przedsiębiorstwa komercyjne podlegające VAT) poprzez odniesienie się do poziomu finansowania (co najmniej 70%) danego świadczenia ze środków publicznych. Poziom finansowania według tego przepisu nie jest tożsamy z procentowym

Pracownik bez kwalifikacji audytora wewnętrznego w jednostce sektora finansów publicznych nie może korzystać ze szczególnej ochrony.