Aby uchylić decyzję z powodu braku formalnego protokołu badania ksiąg należy wykazać, że naruszenie to miało istotny wpływ na wynik sprawy.

Decyzja ostateczna według art. 16 k.p.a., również przed nowelizacją tego przepisu w 2010 r. mogła oznaczać decyzję nadzorczą wydaną na skutek rozpoznania wniosku o ponowne rozpatrzenie sprawy, a wtedy termin przedawnienia roszczenia przewidziany przez art. 160 § 6 k.p.a., mający zastosowanie w okolicznościach sprawy rozpoczynał swój bieg od dnia wydania tej decyzji.