Organ podatkowy nie ma możności weryfikacji prawidłowości wszczęcia, czy innych czynności podejmowanych w toku postępowania karnoskarbowego. Do oceny, czy dana osoba popełniła czyny określone w przywołanych w postanowieniu o wszczęciu dochodzenia przepisach K.k.s., nie dochodzi w ramach postępowania podatkowego, a ocena ta pozostaje bez wpływu na określenie skutków z art. 70 § 6 pkt 1 O.p.

Art. 20 § 2 ustawy nowelizującej Ordynacje podatkową winien być odczytywany w kontekście późniejszych zmian i towarzyszących im przepisów przejściowych w ten sposób, że do zobowiązań powstałych przed dniem 1 stycznia 2003 r. stosuje się zasady i terminy przedawnienia obowiązujące do tej daty, jeśli są korzystniejsze dla podatnika. Zatem kolejna nowelizacja Ordynacji podatkowej nie wpływa na możliwość

Wszczęcie postępowania karnego w stosunku do kontrahentów podatnika nie stanowi zdarzenia określonego w art. 70 § 6 pkt 1 O.p., powodującego zawieszenie biegu przedawnienia zobowiązania tego podmiotu.

Ustalenie podstawy opodatkowania na podstawie art. 23 § 2 O.p. dopuszczalne jest jedynie wówczas, gdy przy pomocy dowodów uzupełniających możliwe jest ustalenie rzeczywistej podstawy opodatkowania. Organ podatkowy może więc odstąpić od oszacowania podstawy opodatkowania, gdy w oparciu o dokumenty takie, jak faktury, paragony, ewidencje, deklaracje możliwe jest ustalenie rzeczywistej podstawy opodatkowania

Jeśli podatnik przez własne postępowanie doprowadził do sytuacji, że dane wynikające z prowadzonych przez niego ksiąg podatkowych (rejestrów) nie pozwalają na określenie rzeczywistej podstawy opodatkowania a chce doprowadzić do sytuacji, gdy przy pomocy dowodów uzupełniających, można określić rzeczywistą podstawę opodatkowania (art. 23 § 2 O.p.), musi wskazać organowi podatkowemu dowody, przy pomocy