Naruszenie przez organ odwoławczy art. 200 § 1 Ordynacji podatkowej jest naruszeniem przepisów postępowania, które może doprowadzić do uchylenia zaskarżonej decyzji na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c/ p.p.s.a., jeżeli wspomniane naruszenie mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy.

Obowiązek przedstawienia stanu sprawy obejmuje nie tylko opisanie dotychczasowego przebiegu postępowania i rozstrzygnięć organów, ale także wyjaśnienie przez sąd, jaki stan faktyczny przyjął za podstawę faktyczną rozstrzygnięcia.

Ani w ustawie o VAT z 1993 r., ani w ustawie o VAT z 2004 r. odszkodowania nie były przedmiotem opodatkowania podatkiem od towarów i usług. Zatem skoro wartość odszkodowania nie mogła być objęta podatkiem to zasadne jest stanowisko organów podatkowych, iż skarżąca nie mogła dokonać odliczenia podatku naliczonego z zakwestionowanych faktur.

Skoro przepisy prawa podatkowego nie precyzują jakie dowody stanowią podstawę do ustalenia przesłanek "zasady wzajemności", to zgodnie z art. 180 O.p. dopuszczalny jest każdy dowód, który przyczyniłby się do wyjaśnienia sprawy. Nie było zatem podstaw do ograniczania środków dowodowych, który mogłyby tą kwestię wyjaśnić. Jednym ze sposobów wyjaśnienia tej kwestii mogłaby być wymiana not dyplomatycznych

Przyjmuje się, że dane z ewidencji gruntów i budynków mają walor dokumentu urzędowego, o którym mowa w art. 194 O.p.., to zaniechanie przez organ podatkowy odwołania się w toku postępowania podatkowego do tych danych prowadzi również do rażącego naruszenia art. 194 O.p. Podstawą stwierdzenia nieważności decyzji może być rażące naruszenie każdego przepisu prawa, w tym również procesowego. Musi to być

Zarzut naruszenia prawa materialnego nie może służyć podważaniu poczynionych w sprawie ustaleń faktycznych.

Z art. 20 ust. 3 u.p.d.o.f. wynika, że podatnik obowiązany jest, w celu uchronienia się przed niekorzystnymi dla siebie skutkami procesowymi, wskazać lub dostarczyć środki bądź źródła dowodowe, które posłużyłyby, obok materiału dowodowego zgromadzonego przez organ podatkowy z urzędu, udowodnieniu istotnych dla rozstrzygnięcia danej spawy tez.