Stosowanie przepisu art. 88 ust. 1 pkt 2 ustawy o VAT narusza w sposób istotny zasadę neutralności VAT w odniesieniu do tych towarów i usług, które związane są z działalnością opodatkowaną podatnika, a w związku z nabyciem których pozbawiony jest on prawa do odliczenia podatku naliczonego, z uwagi na przepisy podatku dochodowego uniemożliwiające mu zaliczenie tych wydatków do kosztów uzyskania przychodów

Zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego w przypadku prowadzenia postępowania w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty oraz postępowania w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego nie zachodzi tożsamość spraw, a przyjęcie poglądu przeciwnego prowadziłoby do wniosku, iż w przypadku dopatrzenia się podstaw do wydania decyzji określającej wysokość zobowiązania podatkowego po podjęciu decyzji

Wniosek o przywrócenie terminu do uchybionej czynności procesowej i zażalenie na postanowienie o odrzuceniu apelacji (skarga kasacyjna na postanowienie o odrzuceniu skargi w postępowaniu sądowoadministracyjnym) wykluczają się wzajemnie.

Błędna ocena okoliczności faktycznej nie jest tym samym, co brak wiedzy o tej okoliczności. Są to dwie różne sytuacje, tylko jedna z nich - ta druga - stanowi przesłankę wznowienia postępowania podatkowego na podstawie art. 240 § 1 pkt 5 Ordynacji podatkowej.

Naczelny Sąd Administracyjny nie jest nie tylko zobowiązany, ale wręcz nie jest uprawniony do precyzowania za stronę zarzutów skargi kasacyjnej bądź do poszukiwania za nią naruszeń prawa, jakich mógł dopuścić się wojewódzki sąd administracyjny.