Zakres przedmiotowy postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty podatku wyznacza treść wniosku podatnika, co oznacza, że podejmowane w jego wyniku rozstrzygnięcie organu podatkowego nie określa zobowiązania podatkowego. Nie wyklucza to wszakże wydania przez ten organ (równolegle lub później) odrębnej decyzji o takim charakterze.