W postępowaniu w przedmiocie obciążenia kosztami opinii biegłych, organy podatkowe nie dokonują oceny merytorycznej opracowanej przez biegłych wyceny przedmiotu sprzedaży, a jedynie ustalają czy wartość przedmiotu transakcji przekroczyła o 33 procent wartość podaną przez Stronę. Ocena merytoryczna wyceny przedmiotu transakcji dokonywana jest w postępowaniu w przedmiocie wymiaru opłaty skarbowej.