Wprowadzenie obowiązkowego KSeF zmieniło nie tylko techniczny sposób wystawiania faktur, ale również organizację współpracy między klientem a biurem rachunkowym. Szczególne znaczenie mają klauzule regulujące sposób przekazywania danych, proces akceptacji faktur sprzedażowych i zakupowych oraz podział odpowiedzialności między stronami, a także postanowienia dotyczące działania w sytuacjach awaryjnych

Wystawienie faktur poza Krajowym Systemem e-Faktur, mimo ciążącego obowiązku, nie wyłącza prawa nabywcy do odliczenia podatku VAT naliczonego zawartego w tych fakturach, pod warunkiem spełnienia przesłanek materialnych odliczenia, określonych w przepisach o VAT.