W postępowaniu podatkowym prawidłowe ustalenie stanu faktycznego przez organy podatkowe powinno uwzględniać zbiór materiału dowodowego adekwatnego do oceny realizacji rzeczywistych operacji gospodarczych, a odmowa przeprowadzenia wnioskowanych dowodów jest zasadna, jeśli ich przeprowadzenie nie miałoby znaczenia dla rozstrzygnięcia sprawy.

Zakup systemów informatycznych przez podatnika, które są wykorzystywane w prowadzonej przez niego działalności gospodarczej, kwalifikuje wydatki poniesione na ten cel jako koszty uzyskania przychodu nawet w przypadku, gdy organy podatkowe kwestionują racjonalność poniesionych nakładów.

W przypadku zarzutów fikcyjnego charakteru faktur w sprawach podatkowych, ocena dowodów musi opierać się na całości zgromadzonego materiału, a prawidłowe ustalenie stanu faktycznego pozwala organom podatkowym na zastosowanie odpowiednich regulacji prawa materialnego w celu określenia zobowiązań podatkowych.

W sytuacji, gdy po złożeniu wniosku o stwierdzenie nadpłaty zostanie wszczęte postępowanie podatkowe w przedmiocie określenia zobowiązania podatkowego za ten sam okres, żądanie zawarte we wniosku o nadpłatę podlega rozstrzygnięciu w ramach tego postępowania, a nie w odrębnym postępowaniu dotyczącym stwierdzenia nadpłaty, zgodnie z art. 79 § 1 zdanie drugie Ordynacji podatkowej.