Organy administracyjne mają obowiązek ocenić raport oddziaływania na środowisko pod względem jego rzetelności oraz spełnienia wymogów formalnych i materialnych, a także podejmować decyzje zgodne z przepisami prawa ochrony środowiska, nawet jeśli inwestycje wzbudzają sprzeciw społeczności lokalnych.

Postanowienie Prezesa Rady Ministrów wyznaczające w trybie art. 26 § 2 Kodeksu postępowania administracyjnego organ właściwy do załatwienia sprawy, podlega kontroli sądu administracyjnego, jako mieszczące się w granicach sprawy, w której zapadła decyzja organu wyznaczonego owym postanowieniem (art. 135 Prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi).

Opłaty podwyższone za korzystanie ze środowiska, wynikające z braku wymaganego pozwolenia, mają charakter sankcyjny, ale nie są administracyjnymi karami pieniężnymi w rozumieniu art. 189b kpa i nie stosuje się do nich przepisów działu IVa kpa.