Świadome uczestnictwo w oszustwie podatkowym pozbawia podatnika prawa do odliczenia podatku naliczonego, a organ podatkowy może skutecznie zawiesić bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, jeśli działania prokuratora wykazują odpowiednie podstawy do wszczęcia postępowania karnego-skarbowego.

Miejsce świadczenia międzynarodowych usług transportowych należy ustalać zgodnie z rzeczywistym miejscem prowadzenia działalności gospodarczej usługobiorcy. Formalna rejestracja na Cyprze nie wpływa na opodatkowanie stawką krajową, gdy faktyczne miejsce działalności znajduje się w Polsce.

Skarżący nie miał prawa do odliczenia podatku naliczonego na podstawie faktur związanych z oszustwem podatkowym. Transakcje dokumentowane tymi fakturami stanowiły element przestępczego łańcucha dostaw. Syndyk masy upadłości nie dochował należytej staranności, wiedząc lub mogąc wiedzieć o oszustwie.

Podatnik nie ma prawa do ulgi abolicyjnej, gdy jego dochody z pracy na statkach badawczych nie spełniają przesłanek transportu międzynarodowego, wymagającego odpłatnego przewozu osób lub towarów. Fakt badawczego charakteru jednostek pływających wyklucza uznanie ich za statki w transporcie międzynarodowym.

Nadpłata podatku, powstała w wyniku ulg podatkowych, podlega zaliczeniu na poczet istniejących zaległości podatkowych, z wyjątkiem sytuacji, gdy podatnik zobowiązań takich nie posiada; ulga na dzieci nie stanowi bezwarunkowej należności podlegającej wypłacie.