Podstawą zastosowania art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a ustawy o podatku od towarów i usług, tj. odmówienia podatnikowi VAT prawa do odliczenia podatku naliczonego, jest ustalenie, że faktura, w której wskazany został podatek naliczony, nie odzwierciedla rzeczywistego zdarzenia gospodarczego między wystawcą a odbiorcą tego dokumentu.

Pomoc osoby trzeciej w zarządzaniu i prowadzeniu działalności gospodarczej, nawet jeżeli osoba ta ma decydujący wpływ na niektóre obszary przedsiębiorstwa, nie wystarczy sama przez się do uznania istnienia firmanctwa, o ile osoba zarejestrowana jako przedsiębiorca również aktywnie uczestniczy w działalności i nie są naruszone przesłanki uznania jej za podatnika VAT w rozumieniu przepisów o podatku

W ramach postępowania o wydanie zaświadczenia organ podatkowy nie prowadzi pełnej analizy prawnofaktycznej, w tym badania przedawnienia zobowiązań podatkowych zabezpieczonych hipoteką, lecz wydaje zaświadczenie stanowiące odzwierciedlenie danych z ewidencji i rejestrów, którymi dysponuje.

Błędna decyzja organu odwoławczego, szczególnie gdy nie wykaże on konieczności przeprowadzenia postępowania dowodowego w znaczącej części bądź całości, narusza przepisy art. 233 § 2 Ordynacji podatkowej oraz zasady dwuinstancyjności i szybkości postępowania, co uzasadnia uchylenie takiej decyzji i ponowne rozpoznanie sprawy.

Jeżeli organ pierwszej instancji rozstrzygnął o odpowiedzialności osoby trzeciej, zachowując termin na wydanie decyzji określony w art. 118 § 1 Ordynacji podatkowej, to organ odwoławczy może orzekać w tym przedmiocie, nawet jeśli omawiany termin już upłynął, jednak z tym zastrzeżeniem, że nie może zwiększyć zakresu odpowiedzialności osoby trzeciej w porównaniu z treścią rozstrzygnięcia organu pierwszej