W przypadku stwierdzenia mieszanej działalności gospodarczej podatnika wykonującej czynności zarówno opodatkowane, jak i zwolnione z VAT, prawo do odliczenia podatku naliczonego przysługuje w proporcji odpowiedniej do udziału wykonywanych czynności opodatkowanych w całkowitych obrotach podatnika.

Podmiot prowadzący działalność statutową w sferze społecznej, który wspomagająco wykonuje czynności gospodarcze, nie ma prawa do odliczenia podatku VAT naliczonego od wydatków poniesionych na realizację zadań społecznych, jeśli te wydatki nie wykazują bezpośredniego ani nawet pośredniego związku z działalnością gospodarczą, a służą wyłącznie realizacji celów statutowych.