Wykreślenie podatnika z rejestru podatników czynnych podatku od towarów i usług w trybie art. 96 ust. 9 pkt 5 ustawy o podatku od towarów i usług następuje poprzez dokonanie czynności materialno-technicznej i nie wymaga wydania decyzji administracyjnej.

Uczestnictwo w schemacie oszustwa podatkowego, nawet bez zamiaru popełnienia oszustwa, wyklucza prawo do odliczenia podatku naliczonego, jeśli podatnik nie wykazał należytej staranności w weryfikacji kontrahentów i rzeczywistego charakteru transakcji.

Podatnik nie nabywa prawa do odliczenia podatku naliczonego z faktur VAT, jeżeli faktury te nie dokumentują rzeczywistego obrotu gospodarczego, a transakcje miały charakter fikcyjny, stanowiąc element schematu oszustwa podatkowego.

Stwierdzenie nieważności decyzji administracyjnej obarczonej rażącym naruszeniem prawa jest dopuszczalne nawet po znacznej ilości lat, o ile decyzja ta nie wywołała nieodwracalnych skutków prawnych, a jej błędne zakwalifikowanie zostało już prawomocnie przesądzone przez sądy administracyjne w poprzednich postępowaniach.

Rekompensaty za świadczone usługi transportu zbiorowego, mające na celu pokrycie strat związanych z działalnością użyteczności publicznej, nie stanowią dotacji, subwencji ani innych dopłat o podobnym charakterze zaliczanych do podstawy opodatkowania, o której mowa w art. 29a ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług.

Dokumenty księgowe, które nie odzwierciedlają rzeczywistych zdarzeń gospodarczych, nie mogą stanowić podstawy do odliczenia podatku naliczonego ani do zastosowania szczególnych form opodatkowania, takich jak procedura VAT marża.