Skoro agencja realizuje projekty unijne i dostaje w związku z tym dotacje stanowiące jedynie zwrot kosztów, to nie realizuje w tym zakresie odpłatnej działalności gospodarczej. W konsekwencji może odliczać tylko część VAT od zakupów.

Przepis art. 129 ust. 5 u.g.n. znajduje zastosowanie do stanów faktycznych sprzed wejścia w życie tej ustawy i to nie tylko w sytuacji całkowitego pozbawienia praw do nieruchomości na skutek wywłaszczenia, lecz również w przypadku ograniczenia sposobu korzystania z nieruchomości.