Jeśli podatnik w kontaktach z kontrahentami nie zachowuje należytej staranności, zostaje pozbawiony prawa do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z wystawionych faktur, co pozostaje w zgodzie z art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a) ustawy o VAT.

Prawo do odliczenia podatku naliczonego może dotyczyć wyłącznie czynności, które faktycznie zostały dokonane. Sama faktura nie tworzy bowiem prawa do odliczenia podatku w niej wykazanego. Prawo do odliczenia przysługuje zatem wówczas, gdy podatek naliczony związany jest z faktycznie dokonanymi czynnościami opodatkowanymi i to zarówno w zakresie przedmiotowym, jak i podmiotowym.

Art. 87 ust. 2 u.p.t.u. nie przesądza kwestii łączności trybu weryfikacji zasadności zwrotu różnicy podatku z trybem przedłużania terminu tego zwrotu. Ustalenie przy pierwszym przedłużeniu daty, do której wydłużono termin zwrotu, biorąc pod uwagę rodzaj trwającej weryfikacji nie wymaga - do czasu upływu wydłużonego terminu - kolejnego jego przedłużenia na skutek zmiany tylko trybu weryfikacji. Jeśli