Nie budzi wątpliwości NSA, że w ramach ww. działań instytucja zarządzająca jest nie tylko uprawniona, ale i zobowiązana do dokonywania ustaleń i ocen w zakresie prawidłowości realizacji przez beneficjentów projektów, w tym pod kątem ich zgodności z obowiązującymi procedurami, a więc również z ustawą Prawo zamówień publicznych.

We współczesnej nauce i praktyce sądów, przeważa pogląd, zgodnie z którym wykładnię należy kontynuować przy wykorzystaniu wszystkich trzech grup dyrektyw interpretacyjnych, bez względu na stopień jasności rezultatu wykładni otrzymanego w wyniku zastosowania dyrektyw chronologicznie wcześniejszych.

W orzecznictwie odróżnia się jednak poddanie sądowej kontroli działalności administracji publicznej na podstawie innego materiału niż akta sprawy od wydania wyroku na podstawie akt sprawy, z przyjęciem odmiennej oceny materiału dowodowego zawartego w tych aktach. Przyjmuje się, że przepis art. 133 § 1 p.p.s.a. nie może służyć kwestionowaniu ustaleń i oceny przyjętego w sprawie stanu faktycznego.