Dla zastosowania art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a Uptu obowiązkiem organów jest wykazanie, że podatnik, który odliczył podatek z zakwestionowanej faktury wiedział lub powinien wiedzieć, iż uczestniczy w transakcji stanowiącej oszustwo podatkowe, popełnione na wcześniejszym etapie obrotu. Innymi słowy, wykładnia celowościowa tego przepisu prowadzi do wniosku, że nie ma on zastosowania w stosunku do podatnika

Ustalanie podstawy obliczenia podatku w drodze szacunku polega na dokonywaniu ustaleń zbliżonych do stanu rzeczywistego, ale nie tożsamego. Ryzyko konsekwencji szacowania obciąża podatnika, bowiem ponosi on negatywne następstwa zaniedbań w zakresie prowadzenia pełnej, czytelnej dokumentacji, dotyczącej zdarzeń gospodarczych. Z samej istoty szacunku wynika, że przyjęte dane są jedynie zbliżone do rzeczywistych

Do postanowień wydanych w trybie art. 274 b § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2005 r. Nr 8 poz. 60 ze zm.) nie stosuje się trybu nadzwyczajnego jakim jest stwierdzenie nieważności uregulowane w rozdziale 18 Działu IV tej ustawy.