Dla zastosowania art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a Uptu obowiązkiem organów jest wykazanie, że podatnik, który odliczył podatek z zakwestionowanej faktury wiedział lub powinien wiedzieć, iż uczestniczy w transakcji stanowiącej oszustwo podatkowe, popełnione na wcześniejszym etapie obrotu. Innymi słowy, wykładnia celowościowa tego przepisu prowadzi do wniosku, że nie ma on zastosowania w stosunku do podatnika

Ustalanie podstawy obliczenia podatku w drodze szacunku polega na dokonywaniu ustaleń zbliżonych do stanu rzeczywistego, ale nie tożsamego. Ryzyko konsekwencji szacowania obciąża podatnika, bowiem ponosi on negatywne następstwa zaniedbań w zakresie prowadzenia pełnej, czytelnej dokumentacji, dotyczącej zdarzeń gospodarczych. Z samej istoty szacunku wynika, że przyjęte dane są jedynie zbliżone do rzeczywistych

Zwrot "odpowiednie stosowanie" nie jest jednoznaczny, oznacza bowiem różne możliwości stosowania przepisów do których odesłanie się odnosi. Po pierwsze - odesłanie oznacza pełne stosowanie odpowiednich przepisów prawa bez żadnych zmian, po drugie - możliwe jest stosowanie z pewnymi zmianami i po trzecie - niestosowanie w ogóle, ze względu na ich bezprzedmiotowość, bądź też ze względu na ich sprzeczność

Do postanowień wydanych w trybie art. 274 b § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2005 r. Nr 8 poz. 60 ze zm.) nie stosuje się trybu nadzwyczajnego jakim jest stwierdzenie nieważności uregulowane w rozdziale 18 Działu IV tej ustawy.