Złożenie przez podatnika wniosku o stwierdzenie nadpłaty powoduje wszczęcie postępowania podatkowego, którego ramy zakreśla żądanie wniosku. Organ podatkowy w postępowaniu toczącym się na wniosek nie ma nie tylko obowiązku, ale też i prawa do określenia zobowiązania podatkowego na podstawie art. 21 § 3 o.p. Jeżeli stwierdzi w toku tego postępowania, że zobowiązanie zostało określone przez podatnika

Podczas gdy naruszenie zasady neutralności podatkowej może być rozważane jedynie pomiędzy konkurencyjnymi przedsiębiorcami, naruszenie zasady ogólnej równego traktowania może następować w dziedzinie podatków poprzez inne rodzaje dyskryminacji, dotyczące przedsiębiorców, którzy niekoniecznie są konkurentami, lecz znajdują się jednak w porównywalnej sytuacji pod innymi względami.

Przedłużenie terminu do dokonania zwrotu nastąpić może w trakcie czynności sprawdzających lub kontroli podatkowej. Istota postanowienia w obydwóch przypadkach jest taka sama i jest nią poinformowanie (w tej formie) podatnika o wydłużeniu terminu do dokonania zwrotu różnicy podatku naliczonego nad należnym, z tym tylko, że na postanowienie wydane w trakcie weryfikacji prawidłowości zwrotu w drodze czynności