W postępowaniu podatkowym w przedmiocie podatków, tak jak podatek dochodowy od osób fizycznych, unormowanych i wykonywanych na prawnej zasadzie samoobliczenia, kontrolowane jest to właśnie samoobliczenie, to jest jego realizacja i udokumentowanie w danym - badanym okresie podatkowym. Zeznania świadków przesłuchiwanych w postępowaniu podatkowym, z istoty swej późniejsze w stosunku do samoobliczenia
Art. 16 ust. 1 pkt 22 u.p.d.o.p. dotyczy wyłączenia kosztów uzyskania przychodu kar umownych i odszkodowań, z tytułu wad dostarczonych towarów, wykonanych robót i usług oraz zwłoki w dostarczeniu towaru wolnego od wad albo zwłoki w usunięciu wad towarów albo wykonanych robót i usług. Zatem nie ma zastosowania do odstępnego zapłaconego z tytułu zaprzestania prowadzenia działalności gospodarczej z uwagi
W przypadku gdy podatek wynika jedynie z faktury, która nie dokumentuje faktycznego zdarzenia rodzącego obowiązek podatkowy u jej wystawcy – faktura taka nie daje uprawnienia do odliczenia wykazanego w niej podatku. Dysponowanie w tym przypadku przez nabywcę fakturą wystawioną przez zbywcę stanowi jedynie formalny warunek skorzystania z tego uprawnienia, który nie stanowi uprawnienia do odliczenia
Nie sposób zaakceptować wniosku, że organ podatkowy powinien weryfikować ustalenia wynikające z decyzji wydanej w sprawie podatku akcyzowego, a w rezultacie określać samodzielnie kwotę podatku akcyzowego wchodzącego do podstawy opodatkowania podatkiem od towarów i usług, co zresztą nasuwa też wątpliwości natury kompetencyjnej w świetle art. 15 § 1 Ordynacji podatkowej.