Jeżeli zobowiązanie podatkowe nie przedawniło się do dnia wejścia w życie nowelizacji (1 września 2005 r.), to w świetle obowiązującego po tej dacie art. 70 § 4 ustawy Ordynacja podatkowa należy również ustalać, od kiedy termin przedawnienia zobowiązania podatkowego zaczął biec na nowo i to także w przypadku jego przerwania przed dniem 1 września 2005 r.

Zasady neutralności podatkowej, pewności prawa i równego traktowania nie stoją na przeszkodzie temu, aby odbiorcy faktury odmówiono prawa do odliczenia naliczonego podatku od wartości dodanej ze względu na brak faktycznej czynności podlegającej opodatkowaniu – to jednak dla pozbawienia odbiorcy faktury prawa do odliczenia wykazanego w niej podatku – należy ustalić, w świetle obiektywnych danych i nie