Podatnik z mocy prawa podlega opodatkowaniu w systemie marży, ale tylko przy spełnieniu przesłanek wymienionych w art. 120 ust 10 i 11 ustawy o VAT, w przypadku natomiast braku wykazania, że zakup towarów nastąpił od podmiotów wymienionych w ust. 10 i 11 nie ma możliwości zastosowania opodatkowania w systemie marży.

Aby uchylić decyzję z powodu braku formalnego protokołu badania ksiąg należy wykazać, że naruszenie to miało istotny wpływ na wynik sprawy.

W postępowaniu interpretacyjnym nie będą miały zastosowania przepisy i definicje strony administracyjnego postępowania podatkowego zawarte w przepisach art. 133 i art. 133a (rozdziału 3 działu IV) O.p., których unormowanie art. 14 h O.p. do postępowania "interpretacyjnego" nie wprowadza.

Zarówno z przepisów Ordynacji podatkowej, jak i u.p.d.o.f. nie da się wywieść twierdzenia, że organ podatkowy jest zobowiązany do oszacowania kosztów uzyskania przychodów w sytuacji, gdy podatnik zaniedbuje swoje obowiązki w zakresie dokumentowania zdarzeń gospodarczych. To podatnik jest zobowiązany posiadać, względnie wskazać przekonywujące dowody pozwalające na ustalenia świadczące o poniesieniu

Dla opodatkowania VAT nie jest w zasadzie tak istotna nielegalność danej transakcji, lecz ocena jak taka transakcja rzutuje na realizację zasady neutralności VAT w aspekcie konkurencyjności.

Zgodnie z treścią art. 13 ust. 3 ustawy z dnia 28 lipca 1983 r. o podatku od spadków i darowizn (t.j. Dz. U. z 2009 r., nr 93, poz. 768 ze zm.) roczną wartość służebności jako podstawę opodatkowania stanowi 4 % wartości całej nieruchomości obciążonej, a nie jest ona ograniczona tylko do zakresu, w jakim uprawniony korzysta z nieruchomości obciążonej.

Zasada ochrony zaufania do państwa i stanowionego przez nie prawa wymaga, żeby podatnik wiedział, czy jego zobowiązanie podatkowe przedawniło się, czy nie. W gestii ustawodawcy pozostaje natomiast wybór instrumentów, które to zapewnią. Realizacja celów postępowania podatkowego musi jednak odbywać się bez naruszania zasady ochrony zaufania do państwa i stanowionego przez nie prawa.

Do uznania wydatku za koszt uzyskania przychodów niezbędne jest nie tylko zaistnienie konkretnego zdarzenia gospodarczego, polegającego na zakupie towaru lub usługi u konkretnego sprzedawcy, za konkretną cenę, ale i odpowiednie udokumentowanie tej operacji. Nie wystarczy wykazanie, że podatnik mógł gdziekolwiek nabyć towar lub usługę i wykorzystać je w działalności gospodarczej, aby wydatek ten móc