Co do zasady ciężar dowodu w postępowaniu podatkowym, stosownie do art. 122 i art. 187 § 1 Ordynacji podatkowej, spoczywa na organie podatkowym. Nie jest to jednak obowiązek nieograniczony, w szczególności jeżeli podatnik usiłuje wywieść korzystne dla siebie skutki podatkowe. W sytuacji, gdy podatnik kwestionuje ustalenia organów, to na nim ciąży obowiązek wykazania, że są one nieprawidłowe lub niekompletne

Dyrektor GDDKiA nie posiada statusu agencji rządowej. Dysponuje on wyłącznie środkami budżetowymi i jest, co jasno wynika z ustawy regulującej sposób jego działania, centralnym organem administracji rządowej.