Dopiero merytoryczne, zgodne z art. 141 § 4 p.p.s.a. przedstawienie i rozważenie, mogących mieć wpływ na ocenę legalności zebranych dowodów, zagadnień zgodności z prawem wszczęcia i prowadzenia postępowania, w którym zostały one pozyskane, pozwoli na kolejne konstatacje w przedmiocie ustalenia stanu faktycznego sprawy i jego subsumcje pod adekwatne unormowania materialnego prawa podatkowego.
Na gruncie do art. 8 ust. 1 ustawy o VAT przy ustalaniu przedmiotu opodatkowania świadczenia usług o złożonym charakterze, jakie stanowią umowy kooperacyjne, należy uwzględniać podstawowy cel wynikający z takich porozumień gospodarczych, a nie dokonywać wyodrębniania poszczególnych czynności służących realizacji tego celu dla potrzeb podatkowych w sposób oderwany od ich sensu gospodarczego.
Przepisy art. 86 ust. 3 i ust. 6 oraz art. 88 ust. 1 pkt 3 w brzmieniu obowiązującym od dnia 1.05.2004 r. są niezgodne z VI Dyrektywą wyłącznie w tym zakresie, w którym zwiększyły ograniczenia odliczenia podatku naliczonego w stosunku do ograniczeń istniejących w tym zakresie w dniu 30.04.2004 r. Natomiast w zakresie w jakim nie rozszerzają powyższych ograniczeń są zgodne z zasada stanstill wynikającą
Art. 74 pkt 1 Ordynacji podatkowej ma zastosowanie także do należności z tytułu zwrotu różnicy podatku od towarów i usług, o którym mowa w art. 87 ust. 1 ustawy o VAT.
Treść pojęcia "ważny interes podatnika" funkcjonuje w zdecydowanie szerszym znaczeniu uwzględniającym nie tylko sytuacje nadzwyczajne, ale również normalną sytuację ekonomiczną podatnika, wysokość uzyskiwanych przez niego dochodów oraz wydatków, a w tym względzie również wydatków ponoszonych w związku z ochroną zdrowia własnego lub członków najbliższej rodziny (koszty leczenia), co nakazuje rozpatrzenie