W sytuacji gdy ustawodawca z dniem 1 stycznia 2009 r., zmieniając określony w art. 79 § 2 ustawy z 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2005 r. Nr 8, poz. 60, ze zm., dalej „O.p.”) termin wygaśnięcia prawa do stwierdzenia nadpłaty, nie przewidział regulacji intertemporalnej uwzględniającej uprawnienia podatników do żądania stwierdzenia nadpłaty na podstawie poprzednio regulującej tę instytucję

Charakter i przedmiot orzeczenia odmawiającego wszczęcia postępowania powoduje, że organ odwoławczy nie może umorzyć postępowania w tej sprawie, o ile nadal istnieje żądanie strony, bądź umorzyć postępowania w sprawie, w której odmówiono jej wszczęcia.

Na gruncie przepisu art. 31 ust. 1 pkt 1 ustawy z 1997 r. o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnieniu osób niepełnosprawnych za uprawnione należało uznać stwierdzenie, że sprzeczne z celami w postaci dbałości o stworzenie osobom niepełnosprawnym takich miejsc pracy, które w pełni sprzyjają ich zatrudnieniu oraz rehabilitacji zdrowotnej byłoby objęcie bezwarunkowym zwolnieniem od podatku