W sytuacji, w której występują wątpliwości co do istnienia lub nieistnienia stosunku prawnego, organ podatkowy obowiązany jest wystąpić do sądu powszechnego o ustalenie istnienia lub nieistnienia stosunku prawnego. W tym zakresie ustawodawca nie pozostawia organowi żadnego wyboru.

Postępowania w sprawie zaliczenia nadpłaty nie można uznać za kontynuację postępowania podatkowego dotyczącego zobowiązań podatkowych, które nie zostały zapłacone w terminie. Jest to część postępowania dotyczącego zwrotu podatku, dotycząca wykonania tego zwrotu.

Jeżeli przeprowadzone postępowanie podatkowe wykaże, że odliczenie podatku naliczonego przez działającego w dobrej wierze podatnika nastąpiło z faktury VAT niezarejestrowanego podatnika, który obiektywnie był zobligowany do jej wystawienia, lecz jedynie brak formalny rejestracji czynił go nieuprawnionym w tym zakresie, przy jednoczesnym ustaleniu, że podatnik ten zarejestrował się, a wykazany na fakturze

Tylko faktura rzetelna od strony podmiotowej i przedmiotowej, tzn. dokumentująca rzeczywistą czynność opodatkowaną podatnika, przez niego wykonaną i udokumentowaną tą fakturą, daje jej odbiorcy uprawnienie do odliczenia wykazanego w niej podatku. Nie jest taką faktura podmiotu jedynie stwarzającego pozory podmiotu prowadzącego działalność gospodarczą, faktycznie nim niebędącego.

W odniesieniu do zasady skuteczności należy podkreślić, że pięcioletni termin zawity, o którym mowa w art. 86 ust.13 ustawy o VAT, sam w sobie nie jest w stanie praktycznie uniemożliwić lub nadmiernie utrudnić wykonywania prawa do odliczenia, skoro art. 18 ust. 2 VI Dyrektywy umożliwia państwom członkowskim wprowadzenie wymagania, by podatnik wykonywał przysługujące mu prawo do odliczenia w tym samym

Przepis art. 141 § 4 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. Nr 153, poz. 1270 ze zm.) może stanowić samodzielną podstawę kasacyjną (art. 174 pkt 2 tej ustawy), jeżeli uzasadnienie orzeczenia wojewódzkiego sądu administracyjnego nie zawiera stanowiska co do stanu faktycznego przyjętego za podstawę zaskarżonego rozstrzygnięcia.

Skoro podatnikowi VAT przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego (art. 86 ust. 1), a w myśl ust. 2 pkt 1 lit. a tego artykułu "kwotę podatku naliczonego stanowi, z zastrzeżeniem ust. 3-7, suma kwot podatku określonych w fakturach otrzymanych przez podatnika z tytułu nabycia towarów i usług", natomiast art. 5 ust. 1 określa czynności opodatkowane, to nie może