W odniesieniu do zasady skuteczności należy podkreślić, że pięcioletni termin zawity, o którym mowa w art. 86 ust.13 ustawy o VAT, sam w sobie nie jest w stanie praktycznie uniemożliwić lub nadmiernie utrudnić wykonywania prawa do odliczenia, skoro art. 18 ust. 2 VI Dyrektywy umożliwia państwom członkowskim wprowadzenie wymagania, by podatnik wykonywał przysługujące mu prawo do odliczenia w tym samym

Jeżeli przeprowadzone postępowanie podatkowe wykaże, że odliczenie podatku naliczonego przez działającego w dobrej wierze podatnika nastąpiło z faktury VAT niezarejestrowanego podatnika, który obiektywnie był zobligowany do jej wystawienia, lecz jedynie brak formalny rejestracji czynił go nieuprawnionym w tym zakresie, przy jednoczesnym ustaleniu, że podatnik ten zarejestrował się, a wykazany na fakturze

Postępowania w sprawie zaliczenia nadpłaty nie można uznać za kontynuację postępowania podatkowego dotyczącego zobowiązań podatkowych, które nie zostały zapłacone w terminie. Jest to część postępowania dotyczącego zwrotu podatku, dotycząca wykonania tego zwrotu.