Zarzut naruszenia art. 106 § 5 P.p.s.a. może być skutecznie podnoszony w skardze kasacyjnej jedynie wówczas, kiedy sąd administracyjny pierwszej instancji prowadził postępowanie dowodowe, w zakresie wynikającym z treści art. 106 § 3 P.p.s.a.

Nieuzasadnione jest stanowisko organów podatkowych, że po upływie okresu przedawnienia, organ - wbrew interesowi prawnemu podatnika - może kształtować wielkość przedawnionego zobowiązania podatkowego "na jego korzyść", określając go w niższej wysokości niż kwota przez niego zapłacona. Sytuacja taka, w świetle ujemnej przesłanki procesowej określonej w art. 208 § 1 Ordynacji podatkowej jest niedopuszczalna

W przypadku wniosku o nadpłatę złożonego przed upływem terminu przedawnienia, należy orzec również po jego upływie, gdyż postępowanie w takim przypadku nie staje się bezprzedmiotowe w rozumieniu art. 208 § 1 Ordynacji podatkowej.

Stosownie do przepisu art. 111 § 1 ustawy o VAT, zastosowanie kasy rejestrującej jest jedynie formą prowadzenia ewidencji obrotu i kwot podatku przez wskazanych w tymże przepisie podatników, nie zaś źródłem samego obrotu, jako podstawy opodatkowania, tę bowiem określają przepisy art. 29 tejże ustawy odwołujące się do kwoty należnej z tytułu sprzedaży, a nie do kwoty zaewidencjonowanej w kasie rejestrującej