Organy podatkowe mają prawo oszacować podstawę opodatkowania w VAT. Mogą też uśrednić wielkość ubytków, jeżeli podatnik nie prowadził ewidencji.

Organ podatkowy ma obowiązek wystąpienia z powództwem o ustalenie stosunku prawnego, jeżeli w wyniku przeprowadzonego postępowania podatkowego pozostały nie dające się usunąć wątpliwości, co do istnienia lub nieistnienia stosunku prawnego lub prawa, z którym związane są skutki podatkowe.