Błędna ocena okoliczności faktycznej nie jest tym samym, co brak wiedzy o tej okoliczności. Są to dwie różne sytuacje, tylko jedna z nich - ta druga - stanowi przesłankę wznowienia postępowania podatkowego na podstawie art. 240 § 1 pkt 5 Ordynacji podatkowej.

Decyzja organu odwoławczego nie ustala zobowiązania podatkowego, a jedynie dokonuje sprawdzenia prawidłowości ustalenia jego wysokości. Organ odwoławczy rozpoznaje sprawę w sytuacji już istniejącego zobowiązania podatkowego.

Zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego w przypadku prowadzenia postępowania w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty oraz postępowania w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego nie zachodzi tożsamość spraw, a przyjęcie poglądu przeciwnego prowadziłoby do wniosku, iż w przypadku dopatrzenia się podstaw do wydania decyzji określającej wysokość zobowiązania podatkowego po podjęciu decyzji