Uznanie stanowiska wnioskującego o wydanie interpretacji podmiotu za nieprawidłowe, przy braku merytorycznej weryfikacji aktu interpretacji przez sąd administracyjny, nie powoduje stanu określanego jako powaga rzeczy osądzonej.

W wypadku wybrania metody porównywalnej ceny niekontrolowanej (art. 11 ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.p.) szacowanie powinno być przeprowadzone zgodnie z regułami określonymi w § 4 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 10 października 1997 r. w sprawie sposobu i trybu określania dochodów podatników w drodze oszacowania cen w transakcjach dokonywanych przez tych podatników (Dz. U. Nr 128, poz. 833 ze zm.).

Rozstrzygnięcie skargi na decyzję kasatoryjną może stanowić "zagadnienie wstępne" [art. 201 O.p. § 1 pkt 2], ale przesłanki zawieszenia postępowania winny być oceniane indywidualnie - w zależności od okoliczności konkretnej sprawy. Związek rozstrzygnięcia sprawy zainicjowanej skargą na decyzję kasatoryjną z rozstrzygnięciem sprawy podatkowej może być bowiem jedynie formalny.

W okresie od 1 września 2005 r. do 31 grudnia 2008 r. (data uchylenia art. 73 § 1 pkt 6 Ordynacji podatkowej), stosowanie art. 53 § 1 i § 4 O.p. w kontekście brzmienia art. 73 § 1 pkt 6 tej ustawy wymaga, aby podatnik, który uiścił podatek od towarów i usług za dany okres rozliczeniowy w wysokości wyższej od należnej, a ze względu na formalny moment powstania nadpłaty związany z czynnością złożenia