Wprowadzenie niezgodnego z prawem wspólnotowym zwolnienia nie może pozbawiać podatnika prawa do odliczenia także poprzez konieczność dokonania korekty podatku naliczonego i zmniejszenie pierwotnej kwoty odliczenia.

W wypadku wybrania metody porównywalnej ceny niekontrolowanej (art. 11 ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.p.) szacowanie powinno być przeprowadzone zgodnie z regułami określonymi w § 4 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 10 października 1997 r. w sprawie sposobu i trybu określania dochodów podatników w drodze oszacowania cen w transakcjach dokonywanych przez tych podatników (Dz. U. Nr 128, poz. 833 ze zm.).

W sytuacji, gdy uprzednie przepłacenie VAT, skutkujące jego nadpłatą w potocznym rozumieniu tego słowa, jest równoznaczne z popadnięciem przez podatnika w zaległości podatkowe w dalszym okresie rozliczeniowym, to należy dokonać wykładni przepisów z uwzględnieniem zasady proporcjonalności.