O kwalifikowanym naruszeniu art. 62 § 1 Ordynacji podatkowej można mówić gdy jest ono oczywiste i wywołuje skutki nie do przyjęcia w demokratycznym państwie prawnym.

W sytuacji, gdy zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług wygasło w skutek zapłaty (art. 59 § 1 pkt 1 O.p.), nie można po upływie terminu przedawnienia określonego w art. 70 § 1 O.p., wbrew interesowi prawnemu podatnika, orzekać o wysokości tego zobowiązania podatkowego.

Na gruncie art. 208 § 1 Ordynacji podatkowej bezprzedmiotowość należy rozumieć jako stan, w którym istnieje brak podstaw faktycznych i prawnych do merytorycznego rozpoznana sprawy. Przy tym nie ma znaczenia przyczyna takiego stanu rzeczy, gdyż przepis nakazuje umorzyć postępowanie z jakiejkolwiek przyczyny. Bezprzedmiotowość postępowania może dotyczyć czterech aspektów, innymi słowy czterech elementów

W przypadku odmowy przyjęcia zgłoszenia rejestracyjnego w podatku od towarów i usług naczelnik urzędu skarbowego powinien uczynić to w formie decyzji mimo, że odmowa wydania potwierdzenia regulacji nie jest uregulowana w ustawie o podatku VAT. Odmowa rejestracji nosi cechy rozstrzygnięcia charakterystycznego dla decyzji administracyjnych i powinna nastąpić w tej właśnie formie.

Termin przedawnienia jest zastrzeżony dla podatników, których roszczenia, wynikające z ich interesu prawnego - o ile zostaną zgłoszone przed upływem terminu przedawnienia - powinny zostać rozpatrzone nawet po jego upływie.

W sytuacji, gdy zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług wygasło w skutek zapłaty (art. 59 § 1 pkt 1 O.p.), nie można po upływie terminu przedawnienia określonego w art. 70 § 1 O.p., wbrew interesowi prawnemu podatnika, orzekać o wysokości tego zobowiązania podatkowego.

Nieuzasadnione jest stanowisko, że po upływie okresu przedawnienia, organ - wbrew interesowi prawnemu podatnika - może kształtować wielkość przedawnionego zobowiązania podatkowego "na jego korzyść", określając go w niższej wysokości niż kwota przez niego zapłacona. Sytuacja taka, w świetle ujemnej przesłanki procesowej określonej w art. 208 § 1 O.p. jest niedopuszczalna, chyba że postępowanie podatkowe

Skoro obowiązek prawidłowego ewidencjonowania zdarzeń gospodarczych spoczywa na podatniku, a organy podatkowe wykazały, że nabywcą nie był podmiot prowadzący działalność gospodarczą, to w konsekwencji należy uznać, że był nim podmiot, o którym mowa w art. 29 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. z 1993 r. Nr 11, poz. 50) obecnie art. 111 ustawy