Postępowanie uruchamiane na skutek wznowienia postępowania nie jest kontynuacją postępowania instancyjnego, a wobec tego brak jest w nim podstaw do pełnej merytorycznej kontroli decyzji, którą zakończono sprawę w postępowaniu zwykłym. Instytucja wznowienia postępowania nie jest środkiem, za pomocą którego można wzruszać każdą wadliwą decyzję ostateczną niezależnie od stopnia tej wadliwości.

W przypadku gdy podatek wynika jedynie z faktury, która nie dokumentuje faktycznego zdarzenia rodzącego obowiązek podatkowy u jej wystawcy - faktura taka nie daje uprawnienia do odliczenia wykazanego w niej podatku. Dysponowanie w tym przypadku przez nabywcę fakturą wystawioną przez zbywcę stanowi jedynie formalny warunek skorzystania z tego uprawnienia, który nie stanowi uprawnienia do odliczenia

Wykorzystywanie faktycznie użytkowanego środka trwałego w działalności gospodarczej bez wprowadzenia tego środka do ewidencji uniemożliwia wprawdzie dokonywanie od niego odpisów amortyzacyjnych, lecz nie pozbawia tego postępowania cechy działania w celu osiągnięcia przychodu, jeżeli cel ten jest dowiedziony. W związku z tym istotne jest odróżnienie prac remontowych od prac o charakterze ulepszeniowym