Wykreślenie podatnika z rejestru VAT na podstawie art. 96 ust. 9a pkt 4 ustawy o podatku od towarów i usług (u.p.t.u.) nie wymaga wydania decyzji administracyjnej, lecz stanowi czynność materialno-techniczną organu podatkowego. Specyfika czynności wykreślenia z rejestru VAT podkreśla jej odrębny charakter od procesu decyzyjnego, nie otwierając drogi do stosowania w tym zakresie standardowych środków

Zgodnie z art. 86 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług, wydatki na najem lokali mieszkalnych dla pracowników i współpracowników spółki, nawet jeśli nie mają bezpośredniego odzwierciedlenia w osiąganych obrotach, wpływają na uzyskanie obrotu opodatkowanego VAT poprzez zabezpieczenie utrzymania źródła przychodu, co uzasadnia prawo do odliczenia podatku naliczonego związanego z ich poniesieniem.

Nadpłata podatku podlega z urzędu zaliczeniu na poczet zaległości i bieżących zobowiązań podatkowych, a zwrot nadpłaty jest możliwy wyłącznie po weryfikacji przez organ podatkowy braku ciążących na podatniku długów podatkowych – weryfikacja ta stanowi rachunkowo-techniczną czynność odzwierciedloną w postanowieniu administracyjnym, które formalizuje kompensatę wzajemnych wierzytelności.