W orzecznictwie sądowym wskazano, że wyznaczenie terminu na tej podstawie nie znajduje oparcia w przepisach prawa. Dodatkowo wszczęcie postępowania egzekucyjnego nie jest każdorazowo uzależnione od wyznaczenia w decyzji konkretnego terminu jej realizacji. Decyzja wchodzi do obrotu prawnego z chwilą kiedy staje się ostateczna i od tego momentu wywołuje wszelkie skutki prawne zarówno względem stron postępowania

Zgodnie z ugruntowanymi poglądami prezentowanymi w orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego niedopuszczalne jest zastępowanie zarzutu naruszenia przepisów postępowania, zarzutem naruszenia prawa materialnego i za jego pomocą kwestionowanie ustaleń faktycznych. Próba zwalczenia ustaleń faktycznych poczynionych przez Sąd I instancji nie może nastąpić przez zarzut naruszenia prawa materialnego.

Pomiary emisji zanieczyszczeń przeprowadzone na konkretnej instalacji z uwzględnieniem jej specyfiki technologicznej pozwalają na bardziej precyzyjne ustalenia rzeczywistej emisji, to jednak aby mogły być wykorzystane do obliczenia przedmiotowej opłaty środowiskowej powinny być miarodajne dla całego półrocza funkcjonowania przedsiębiorstwa, co wymaga przeprowadzenia serii kompleksowych badań w zakresie