Złożenie przez podatnika wniosku o stwierdzenie nadpłaty powoduje wszczęcie postępowania podatkowego, którego ramy zakreśla żądanie wniosku. Organ podatkowy w postępowaniu toczącym się na wniosek nie tylko nie ma obowiązku, ale też i prawa do określenia zobowiązania podatkowego na podstawie art. 21 § 3 O.p.

Ustawodawca wyłączając z zakresu regulacji p.d.o.f. niektóre przychody kieruje się tym, że są one opodatkowane innym podatkiem (art. 2 ust. 1 pkt 3 i 6 u.p.d.o.f.- przychody podlegające podatkowi od spadków i darowizn oraz podatkowi tonażowemu), przychody wyłączone z opodatkowania podatkiem dochodowym, wymienione w art. 2 ust. 1 u.p.d.o.f., a także przychody zwrotne, jak przychody z pożyczek i kredytów