Nadpłaty wraz z ich oprocentowaniem podlegają zaliczeniu z urzędu na poczet zaległości podatkowych wraz z odsetkami za zwłokę, odsetek za zwłokę określonych w decyzji, o której mowa w art. 53a, oraz bieżących zobowiązań podatkowych, a w razie ich braku podlegają zwrotowi z urzędu, chyba że podatnik złoży wniosek o zaliczenie nadpłaty w całości lub w części na poczet przyszłych zobowiązań podatkowych

Zarówno z przepisów Ordynacji podatkowej, jak i u.p.d.o.f. nie da się wywieść twierdzenia, że organ podatkowy jest zobowiązany do oszacowania kosztów uzyskania przychodów w sytuacji, gdy podatnik zaniedbuje swoje obowiązki w zakresie dokumentowania zdarzeń gospodarczych. To podatnik jest zobowiązany posiadać, względnie wskazać przekonujące dowody pozwalające na ustalenia świadczące o poniesieniu kosztów

Organ nie ma prawa dokonywania ustaleń, czy strona w danej sprawie chce działać samodzielnie, czy przez pełnomocnika i w jakim stopniu został on od niej umocowany. Są to bowiem elementy stosunku prawnego łączącego mocodawcę oraz ustanowionego przez niego pełnomocnika.