Nie można wykluczyć, że postępowanie sądowe i postępowanie podatkowe w sprawie stwierdzenia nieważności postanowienia prowadzone w sprawie mogłyby się ułożyć tak, że przed prawomocnym zakończeniem sprawy sądowoadministracyjnej, zainicjowanej przez stronę, wydane zostanie ostateczne rozstrzygnięcie w przedmiocie stwierdzenia nieważności postanowienia, zaskarżone następnie do sądu administracyjnego.

Ponieważ odmowa prawa do odliczenia stanowi wyjątek od zasady podstawowej, jaką jest istnienie takiego prawa, organ podatkowy zobowiązany jest wykazać w sposób prawnie wymagany istnienie obiektywnych przesłanek prowadzących do wniosku, że podatnik wiedział lub powinien był wiedzieć, iż transakcja mająca stanowić podstawę prawa do odliczenia wiązała się z przestępstwem popełnionym przez dostawcę lub