Zasada neutralności VAT podlega czasami ograniczeniom lub wyłączeniom i dotyczy to tych wszystkich sytuacji, gdy jej realizacja służyłaby uzyskaniu korzyści podatkowych przez działania nieuczciwe lub stanowiące nadużycie prawa.

Działanie polegające na odwoływaniu udzielonych wcześniej pełnomocnictw i ustanawianiu kolejnych pełnomocników w okresie biegu terminu, o którym stanowi art. 150 Ordynacji podatkowej, czyniłoby ten przepis praktycznie niestosowalnym, co z całą pewnością podważałoby cel ustanowionej w nim konstrukcji prawnej.

Zasady ubiegania się o rekompensatę z tytułu pozostawienia nieruchomości poza obecnymi granicami Rzeczypospolitej Polskiej

Przyjęte w polskim porządku prawnym rozwiązania, umożliwiające działalność biegłych sądowych w ramach statusu podatnika VAT zwolnionego albo podatnika VAT czynnego, nie mają charakteru dyskryminującego.