Wykonanie nieostatecznej decyzji, której nie nadano rygoru natychmiastowej wykonalności, możliwe jest tylko w drodze dobrowolnego jej wykonania przez podatnika. Wszelkie natomiast działania organów podatkowych, których efektem będzie zaspokojenie wierzyciela publiczno - prawnego na podstawie nieostatecznej decyzji należy uznać za niezgodne z art. 239a O.p.
Nie jest zasadny pogląd, że nie jest możliwe złożenie wniosku o stwierdzenie nadpłaty i deklaracji korygującej w sytuacji, gdy organ udzielający pomocy nie wyda beneficjentowi zaświadczenia o pomocy de minimis. Trzeba zaakcentować, że nie można postawić znaku równości pomiędzy postępowaniem dotyczącym wydawania zaświadczeń, a postępowaniem podatkowym. Postępowanie te są odrębne, a każde z nich rządzi
Tylko gdy podmiot gospodarczy podjął wszelkie działania, jakich można od niego w sposób uzasadniony oczekiwać, w celu upewnienia się, że transakcje, w których uczestniczy nie wiążą się z przestępstwem, czy to w zakresie podatku VAT, czy w innej dziedzinie, może on domniemywać legalności tych transakcji bez ryzyka utraty prawa do odliczenia naliczonego podatku VAT.
Błędny jest pogląd, zgodnie z którym stosownie do art. 83 ust. 7 pkt 1 ustawy o VAT stawka podatkowa w wysokości 0% może być zastosowana do towarów poddanych procedurze uszlachetniania czynnego dopiero wtedy, gdy towary te zostaną wywiezione poza terytorium Unii Europejskiej.